Instituto Eclesiástico de Filosofia e Teologia São Tomás de Aquino foi solenemente erigido no dia 15 de agosto de 2017 por S. Exª Revmª. Dom Fernando Arêas Rifan, Bispo Administrador Apostólico da Administração Apostólica Pessoal São João Maria Vianney. Foi fundado com o objetivo de atender às exigências da Administração Apostólica quanto à formação intelectual dos seus futuros sacerdotes, sendo anexado, portanto, ao Seminário da Imaculada Conceição.
O Instituto assume as atividades exercidas experimentalmente nos cursos de Filosofia e Teologia desde o ano de 2002.
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